A travers une approche metabarcoding de l’ADN environnemental (ADNe), permettant d’identifier un ensemble d’espèces à partir d’un échantillon environnemental (eau, sédiments, air), nous cherchons à inventorier la diversité végétale du Rhin supérieur. La première application de cette approche pour identifier la végétation aquatique des grands milieux est prometteuse (Ji et al., 2021), mais son évaluation et calibration sont encore nécessaires. Pour ce faire, nous avons filtré 24 litres d’eau dans 8 sites entre Bâle et Strasbourg à la fois dans le Grand Canal d’Alsace et le Vieux Rhin. L’analyse des données de séquençage pour chacun des sites et sur l’ensemble a révélé la végétation dominante de cette section du Rhin. La détection de plantes terrestres à partir d’échantillons d’eau corrobore le résultat de Ji et al. (2021) et étend les potentielles applications de cette approche. Ji, F., Yan, L., Yan, S., Qin, T., Shen, J., & Zha, J. (2021). Estimating aquatic plant diversity and distribution in rivers from Jingjinji region, China, using environmental DNA metabarcoding and a traditional survey method. Environmental Research, 199, 111348. https://doi.org/10.1016/j.envres.2021.111348