L'OHM Fessenheim a vocation à s'ouvrir aux divers partenaires directement concernés par les problématiques scientifiques développées dans l'Observatoire. Il peut s'agir des services de l’État, de collectivités locales (région, département, communes, etc), d'établissements publics, d'acteurs industriels phares du territoire ou d'associations.
La liste ci-dessous regroupe un certain nombre de partenaires avérés ou potentiels mais ne se veut pas exhaustive. Viennent notamment s'ajouter à cette liste les entités déjà citées au niveau des équipes de recherche liées à l'OHM.