Stéphane Schwenker

Automatisation du dénombrement des aberrations chromosomiques et altérations des télomères

Soutenu en
09/2018
Discipline(s)
Informatique, Santé
Encadrant
Yvan Maillot
Laboratoire
IRIMAS EA 232 - UHA
Financement
IdEx Juxta Rhenum

L’objectif est d’automatiser le traitement de la quantification des aberrations chromosomiques et l’altération des télomères. Ce projet se place dans un contexte plus global qu’est le projet Juxta Rhénum. Ce dernier visant à faire ressortir l’impact de la création, jusqu’au démantèlement, de la centrale de Fessenheim, sur son environnement. La mesure des altérations chromosomiques se fait au moyen de prélèvement sanguin, puis par la prise d’images par un microscope et le traitement de ces dernières par le programme informatique associé. En sortie nous obtenons un fichier texte contenant de 100 000 à 200 000 valeurs numériques à analyser.
Ces échantillons sont regroupés en ensemble pour ensuite y appliquer une analyse avec un langage informatique scientifique analytique, R en l’occurrence, et obtenir ainsi des résultats interprétables. Tous ces fichiers sont actuellement stockés en local sur les postes de travail des différents acteurs. Les regroupements des différents échantillons se font à la main. Lorsqu’une personne a besoin des données elle doit prendre contact avec la détentrice des données ou bien les chercher dans son poste de travail. Ainsi la création d’une base de données est le point de départ de ce projet. S’en suit la création d’une application à vocation d’être hébergée sur un serveur avec des interfaces de chargement, de téléchargement et de filtrage des échantillons. Les données seront rangées selon un protocole et disponible en ligne pour recherche, tri, regroupement, analyse, comparaison. Les choix des outils informatiques, de leurs langages de programmation, sont primordiaux pour obtenir une application moderne et évolutive.
Le projet étant au démarrage, ses limites ne sont pas encore connues, il faut donc choisir des outils qui offrent une grande souplesse pour supporter facilement les modifications.

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